Fcfp指纹
http://rdkit.chenzhaoqiang.com/basicManual.html WebJan 4, 2024 · 因此,圆形指纹是原子类型和分子连通性的系统探索,而MACCS键依赖于要匹配的预定义分子特征。“当比较ECFP / FCFP指纹和RDKit生成的Morgan指纹时,请记住ECFP4中的4对应于所考虑的原子环境的直径,而Morgan指纹采用的是。
Fcfp指纹
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http://www.yingbio.com/article-35507-206006.html WebDec 31, 2024 · 因此,圆形指纹是原子类型和分子连通性的系统探索,而MACCS键依赖于要匹配的预定义分子特征。“当比较ECFP / FCFP指纹和RDKit生成的Morgan指纹时,请记住ECFP4中的4对应于所考虑的原子环境的直径,而Morgan指纹采用的是。
WebMay 30, 2024 · 文章目录一、分子指纹计算二、相似性搜索三、自定义搜索函数一、分子指纹计算本文介绍在windows环境下,使用rdkit函数在postgresql数据库中进行相似性搜索。 ... 根据rdk.mols中的m列(存放分子的mol对象),计算torsion、morgan ECFP、morgan FCFP指纹,分别命名为torsionbv ... WebJul 18, 2024 · 因此,圆形指纹是原子类型和分子连通性的系统探索,而MACCS键依赖于要匹配的预定义分子特征。“当比较ECFP / FCFP指纹和RDKit生成的Morgan指纹时,请记住ECFP4中的4对应于所考虑的原子环境的直径,而Morgan指纹采用的是。
WebMay 10, 2014 · ecfp和fcfp类别已经在一些研究中成功使用,特别是用于贝叶斯模型的建立。 这些指纹的构建方式提供了一个很好的平衡,在用于各类相似性比较时,给出了经验上 … Web摩根指纹通过定义不同的invariants 可以输出ECFP、FCFP指纹。 ECFP、FCFP 不同点主要在于如何计算atom invariants.-. ECFP 的atom invariants 是 连接信息 -. FCFP 的atom invariants 是 fature-based invariants. RDKit中Morgan算法支持的feature 有. ECFP4 和 FCFP4 中的4代表是摩根指纹的直径为4,半径 ...
WebMay 24, 2024 · 在 RDKit 中,ECFP 指纹又叫 Morgan 指纹,其原因为ECFP的核心思想来自于 Morgan 算法,该算法试图为分子中的每个原子分配一个唯一的、连续的编号。. 独特 …
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